Το αρχαιολογικό μουσείο Ηρακλειου αφιερωμένο σχεδόν εξολοκλήρου στον Μινωικό Πολιτισμό οφείλει τη δημιουργία του στους πρωτεργάτες της μινωικής αρχαιολογίας I. Xατζηδάκη και Στ. Ξανθουδίδη. Το κτίριο οικοδομήθηκε στο διάστημα 1904-1912 πάνω στα ερείπια της ονομαστής βενετικής μονής του Αγίου Φραγκίσκου, δίπλα στο Χουνκιάρ Τζαμί. Είναι βασισμένο σε σχέδια του Γερμανού αρχιτέκτονα W. Doerpfeld και του Γραμματέα της Αρχαιολογικής Εταιρείας Αθηνών Παναγή Καββαδία, που του προσέδωσαν και την τελική κλασικιστική του μορφή. Η δόμηση του σύγχρονου κτιρίου ξεκίνησε το 1937, διακόπηκε όμως από τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, οπότε πρώτη μέριμνα αποτέλεσε η διάσωση των αρχαιοτήτων. Τελικά το μουσείο επαναλειτούργησε το 1952, ενώ το 1964 ολοκληρώθηκε η πρώτη σημαντική επέκτασή του. Μετά από πελυετή ανακαίνιση το κοινό μπορεί πλέον να θαυμάσει τα σημαντικότερα εκθέματα  που έχουν βρεθεί στην Κρήτη σε ειδικά διαμορφωμένες αίθουσες.

 Στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Ηρακλείου στεγάζονται τα ευρήματα των μεγάλων ανασκαφών που ξεκινούν στο νησί από το 1900 με κεντρικό πυρήνα τα ανακτορικά συγκροτήματα. Συνεχώς προστιθενταί ευρήματα που έρχονται στο φως, με την αδιάλειπτη ανασκαφική έρευνα, από οικισμούς, νεκροταφεία, ιερά σπήλαια κ.ά. Έτσι το Μουσείο του Ηρακλείου φιλοξενεί σήμερα τη μεγαλύτερη και σημαντικότερη συλλογή μινωικών αρχαιοτήτων παγκοσμίως. Από την αυγή της νεολιθικής εποχής στην 7η χιλιετία π.Χ. έως το τέλος της ρωμαϊκής αρχαιότητας στον 4ο αι. μ.Χ., τα εκθέματα του Μουσείου καλύπτουν την ιστορική πορεία και τις σημαντικότερες εκφάνσεις του κρητικού πολιτισμού.

Από τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι:

• Η “Μικρή Θεά των Όφεων» . Περ. 1600 π.Χ. Βρέθηκε στο ανάκτορο της Κνωσσού. Ειδώλιο από φαγεντιανή της γνωστής χθόνιας μινωικής θεότητας με τα χαρακτηριστικά υπερυψωμένα και προτεταμένα χέρια. Από τα σημαντικότερα δείγματα της μινωικής μικρο-πλαστικής.

• Ρυτό από Όρεια  κρύσταλλο. Περ. 1500 π.Χ. Βρέθηκε στο ανάκτορο της Ζάκρου. Μικρό τελετουργικό αγγείο δουλεμένο από μεγάλο πυρήνα ορείας κρυστάλλου. H λαβή αποτελείται από χάντρες ενωμένες με χάλκινο σύρμα. Αποκαταστάθηκε από εκατοντάδες μικρά τεμάχια. Μοναδικό στο είδος του, συγκαταλέγεται στα αριστουργήματα της μινωικής λιθοτεχνίας.

• Ρυτό σε σχήμα Ταυροκεφαλής . 1550-1500 π.Χ. Βρέθηκε στο ανάκτορο της Κνωσσού. Pυτό από μαύρο στεατίτη σε μορφή ταυροκεφαλής, της οποίας τα χαρακτηριστικά αποδίδονται με εγχάραξη. Tα μάτια ήταν ένθετα από ορεία κρύσταλλο και ίασπι, το ρύγχος από μάργαρο. Tα κέρατα (σήμερα συμπληρωμένα) ήταν από επιχρυσωμένο ξύλο. Έξοχο δείγμα της μινωικής λιθοτεχνίας, τελετουργικού χαρακτήρα.

• Ο Δίσκος της Φαιστού . 17ος αι. π.Χ. Βρέθηκε στο ανάκτορο της Φαιστού. Πήλινος αμφιπρόσωπος ενεπίγραφος δίσκος. Oι δύο όψεις φέρουν 242 χαρακτήρες (σημεία) αποτυπωμένους με σφραγίδες σε σπειροειδή διάταξη, από την περιφέρεια προς το κέντρο. Πρόκειται για ιδεογραφική γραφή, πιθανότατα συλλαβική, η οποία δεν έχει αποκρυπτογραφηθεί μέχρι σήμερα, παρά τις πολλαπλές προσπάθειες.

• Τοιχογραφία με παράσταση Ταυροκαθαψίων.. Περ. 1550 π.Χ. Βρέθηκε στο ανάκτορο της Κνωσσού . Τα ταυροκαθάψια ήταν άθλημα της μινωικής εποχής, στο οποίο ο αθλητής εκτελούσε άλματα ή ακροβατικές κινήσεις πάνω από τη ράχη ενός ταύρου. Ενδεχομένως να αποτελούσε μέρος λατρευτικών τελετών. Έχουν βρεθεί αρκετές σχετικές παραστάσεις στην Κρήτη, μεταξύ αυτών και το περίφημο ελεφαντοστέινο ειδώλιο ταυροκαθάπτη στο μουσείο Ηρακλείου (ΑΕ 3), που βρέθηκε επίσης στο ανάκτορο της Κνωσού.

• Το Δαχτυλιδί των Ισοπάτων. 1600-1400 π.Χ. Βρέθηκε σε τάφο στα Ισόπατα, κοντά στην Κνωσό. Xρυσό σφραγιστικό δαχτυλίδι που εικονίζει γυναίκες σε εκστατικές χορευτικές στάσεις, μέσα σε λιβάδι με Κρίνα. H μικρή μορφή ερμηνεύεται ως κατερχόμενη από τον ουρανό θεότητα. Στο πεδίο, σύμβολα ματιού και φιδιών. Αριστούργημα της μινωικής χρυσοχοΐας.

• Δαχτυλίδι με σκηνή δενδρολατρείας.  1600-1500 π.Χ. Βρέθηκε σε νεκροταφείο στην Φουρνί Αρχανών. Χρυσό σφραγιστικό δακτυλίδι, που βρέθηκε ακουμπισμένο στο στήθος μιας νεκρής γυναίκας. Φέρει μια μοναδική παράσταση της μινωικής θρησκείας. Στο κέντρο εικονίζεται γυναικεία μορφή (θεά ή ιέρεια;), που φορεί πλούσιο ένδυμα και έχει ανασηκωμένο το δεξί χέρι σε στάση ευλογίας. Πιθανότατα πρόκειται για την επιφάνεια της μινωικής θεάς, γνωστή και από άλλες παρόμοιες απεικονίσεις. Στα αριστερά της μία ανδρική μορφή αγγίζει ή ξεριζώνει ένα δένδρο που βρίσκεται μέσα σε τριμερές ιερό με περίβολο. Στην άλλη άκρη της σύνθεσης ένας δεύτερος άνδρας, γονατισμένος, αγκαλιάζει θρηνώντας ένα αντικείμενο, μάλλον ταφικό πίθο. Η δραματική αυτή σκηνή ερμηνεύεται από τους μελετητές ως αναπαράσταση του κύκλου της ζωής, βασικό στοιχείο της μινωικής λατρείας. Την παράσταση συμπληρώνουν διάφορα σύμβολα, όπως η χρυσαλλίδα, δύο πεταλούδες, το ιερό μάτι και ένας κιονίσκος του αιγυπτιακού θεού Όσιρι.

• Το περίαπτο με τις Μέλισσες. Περ. 1700. Βρέθηκε στο Χρυσόλακκο Μαλίων. Χρυσό κόσμημα σε σχήμα δύο μελισσών ή σφηκών που αποθέτουν μια σταγόνα μέλι στην κηρήθρα, από τα γνωστότερα έργα της μινωικής τέχνης. Εντυπωσιάζει η τεχνική της μικροσκοπικής κοκκίδωσης για την απόδοση των λεπτομερειών, αλλά και η φυσιοκρατική απεικόνιση των εντόμων. Ένα αριστούργημα της μινωικής χρυσοχοΐας της παλαιοανακτορικής περιόδου.